Ist der pH-Wert eingestellt, kommt die Desinfektion. Alle Belastungen, die der Filter nicht zurückhält (organische Stoffe, Keime, Bakterien, Viren), müssen abgebaut werden.

Darüber hinaus ist ein Überschuss an Desinfektionsmittel im Becken nötig, als Depot für eine plötzlich steigende Belastung.